「拙者は流浪人　あてのない旅の剣客でござるよ」 新時代・明治を切り拓いた伝説の維新志士「人斬り抜刀斎」は、維新後、一介の流浪人・緋村剣心として各地をさすらう日々。ある時神谷薫という少女に力を貸した縁で、彼女が営む神谷道場に居候することになるが…!?

掲載範囲 : 1巻～2巻

「薫殿を守るため　俺は今一度人斬りに戻るさ」 明神弥彦や相楽左之助ら出入りする者が増え、神谷道場もにぎやかに。そんな中、剣心は警察に「黒笠」と呼ばれる兇賊を倒して欲しいと依頼される。黒笠の正体は、鵜堂刃衛―幕末も今も殺人欲だけで動く、危険な人斬り!!

掲載範囲 : 2巻

「どう坊や達　私を観柳から守って逃がしてくれない？」 ある日賭場に遊びに行った左之助は、仲間が「阿片」の大量吸引で死んだと聞かされる。そこに一人の女性―高荷恵が逃げ込んできた！彼女は追っ手を倒した剣心を気に入り、自分の護衛に指名する。だが、追われている理由は阿片絡みらしく…!?

掲載範囲 : 2巻～5巻

「古流剣術を「真古流」に換えて明治の世に再興するのだ!!!」 薫の出稽古先・前川道場に、石動雷十太と名乗る道場破りが現れた。ただの道場破りにしては過ぎる強さに、剣心は疑問を抱く。事実、雷十太の真の目的は、己が流派を唯一正統とするために他の剣術を根絶することだった!!

掲載範囲 : 5巻～6巻

「「不殺の流浪人」がお前を　明らかに弱くしたんだ」 剣心の前に、元新撰組の斉藤一が現れた。実は斉藤は、内務卿・大久保利通の依頼で「抜刀斎」の力量を計りに来たのだ。剣心に「人斬り抜刀斎」の後継者・志々雄真実の暗躍を告げる大久保。だが後日、彼は殺されてしまい―!?

掲載範囲 : 7巻～8巻

「俺の…弟と村を　志々雄の連中から救ってくれ…」 薫に別れを告げ京都へ旅立った剣心は、道中、御庭番衆と縁がある少女・巻町操と道連れに。二人は、近道のために入った森で、瀕死の兄弟を発見する。彼らの故郷・新月村は、すでに志々雄一派によって占領されたというのだ…。

掲載範囲 : 8巻～9巻

「「十本刀」が集結し次第　国盗り開始だ」 志々雄一派、剣心、斉藤、そして薫達はそれぞれの順路で京都へ。志々雄は「十本刀」の召集を命じ、着々と国盗りの駒を進める。その手始めが京都大火!!　一方剣心も、師の元で命がけの“飛天御剣流奥義”伝授に挑んでいた。

掲載範囲 : 9巻～13巻

「みんなで一緒に　東京に帰ろうね」 京都大火と東京砲撃計画を阻止した剣心は、左之助・斉藤とともに決戦の場である志々雄のアジトへ向かう。残る薫と弥彦、操達もまた、十本刀の襲撃に備えるのだった。それぞれの信念―そして、国の命運を賭けた闘いが始まる!!

掲載範囲 : 13～18巻

「抜刀斎の左頬に　まだ十字傷は有りましたカ？」 志々雄一派との決戦後、東京に戻った剣心達は平穏な時を過ごす。ところがそんな中、赤べこなど剣心と関わりのある場所が襲撃される事件が!!　現場に残された「人誅」の二文字に、剣心は、過去と対峙する時が来たことを悟る…。

掲載範囲 : 18巻～19巻

「あなたは本当に　血の雨を降らすのですね…」 人誅の首謀者は雪代縁―剣心のかつての妻・巴の弟。縁は、抜刀斎への復讐の念だけで生きてきた。剣心は薫達に、縁との因縁を語り始める。それは、人斬り時代の凄絶な過去と、左頬の十字傷に刻み込まれた哀しい記憶の話だった。

掲載範囲 : 19巻～21巻

「さあ　人誅の完成の始まりだ―」 縁の通告通り、再会から十日後、抜刀斎に恨みを持つ者達による神谷道場総攻撃が始まった。左之助・弥彦・斉藤がそれぞれ敵を撃破する中、剣心と縁の決闘が幕を開ける。だが、縁の“真の狙い”は、剣心の命ではなく―!?

掲載範囲 : 21巻～24巻

「「答」を見つけて立ち上がるのは自分自身に他ならない―」 薫を守れなかった自責の念で、剣心は「落人群」へとその身を落としていた。一方弥彦は、上京した操・蒼紫とともに薫の行方を捜し続けていた。そんな時、捕縛されていた人誅メンバーの一人・鯨波が暴走、町を破壊し始める!!

掲載範囲 : 24巻～26巻

「拙者に力を貸してくれ」 自分の中の“唯一捨てられない真実”に気付いた剣心は、自らの足で再び立ち上がる。そして、仲間とともに薫救出へ！　剣心の復活を知った縁もまた、憎悪をむき出しにして迎え撃つ…。償う者と罰する者―積年の因縁、ついに決着!!

掲載範囲 : 26巻～28巻

「構えろ弥彦　一本勝負　いいな」 神谷道場での穏やかな日々が戻ってきた。やがて恵や斉藤、蒼紫、操、左之助達は、それぞれの道を歩き出す。そして数年―。弥彦は神谷活心流師範代を務めるまでに成長していた。ある日剣心に呼び出され、道場に向かうと…!?

掲載範囲 : 28巻