[オレの忍道は エロ仙人と同じだ！」 自来也が戦死した。突然の訃報に落ち込むナルト。だが、イルカ先生とシカマルの言葉で己を取り戻す。そして強敵・ペインとの戦いに備えるべく、ナルトが選んだ修業場は“妙木山”。フカサクの元で、ナルトの苛酷な修業が始まった!!

掲載範囲 : 403話～410話(44巻)

「こいつはオレが捕まえる」 利害の一致から“暁”と手を組んだサスケたちは、八尾を捕まえるべく雲隠れの里に潜入する。だが、八尾の人柱力・キラービーは剣術の達人だった!!　４対１の戦いでも余裕を見せるキラービーは、さらに“八尾”の力を使う!!　絶体絶命のピンチに、サスケは…!?

掲載範囲 : 411話～418話(44巻～45巻)

「九尾の人柱力の居場所を吐け」 自来也をも倒した恐るべき“暁”のリーダー、“ペイン六道”が木ノ葉を襲撃!!　ナルトが不在の中、里の人々が次々とペインの毒牙にかかる!!　ペインの目的は、ナルトの中に封印されている“九尾”!!情報を探りながら各地を蹂躙するペインに、カカシたち木ノ葉の忍たちが立ち向かう!!

掲載範囲 : 419話～429話(45巻～46巻)

「決着つけてやる!!!!!」 妙木山の修業から戻ってきたナルトが見たものは、ペインの襲撃を受け、変わり果てた木ノ葉隠れの里だった。ナルトは修得した“仙人モード”で、ペイン六道と激突!!　一進一退の攻防の中、ペインをようやく追い詰めるが…。

掲載範囲 : 430話～449話(46巻～48巻)